Научно-координационный совет (НКС) станет постоянно действующим совещательным органом и будет координировать взаимодействие ФАНО и подведомственных ему научных организаций с Российской академией наук.

НКС будет готовить предложения по развитию научных организаций, участвовать в подготовке предложений по государственным заданиям для институтов и разработке планов их научных исследований. Также совет рассмотрит вопросы, связанные с оценкой эффективности институтов, подготовкой нормативных актов и взаимодействием с органами исполнительной власти в области науки. НКС также примет участие в решении организационных вопросов, поддержке научной молодежи, развитии интеграции науки, образования и реального сектора экономики.

Персональный состав НКС утверждается руководителем ФАНО сроком на три года, и члены совета не смогут исполнять свои функции более двух сроков подряд. Научно-координационный совет будет работать по шести секциям: математические, физические, компьютерные и технические науки; химические науки; общественно-гуманитарные науки; науки о жизни; науки об окружающей среде; междисциплинарные исследования и проекты.

Среди ученых, вошедших в совет, сибирские институты представляют:

1. Ренад Зиннурович Сагдеев – академик, директор Института «Международный томографический центр», заместитель председателя НКС;
2. Валентин Викторович Власов – академик, директор Института химической биологии и фундаментальной медицины;
3. Михаил Александрович Грачев – академик, директор Лимнологического института;
4. Анатолий Пантелеевич Деревянко – академик, директор Института археологии и этнографии;
5. Александр Михайлович Дыгай – директор  НИИ фармакологии и регенеративной медицины им. Е.Д. Гольдберга;
6. Николай Александрович Колчанов – академик, директор Института цитологии и генетики;
7. Дмитрий Маркович Маркович – член-корреспондент РАН, заместитель директора Института теплофизики им. С.С. Кутателадзе;
8. Валентин Николаевич Пармон – академик, директор Института катализа им. Г.К. Борескова;
9. Николай Петрович Похиленко – академик, директор Института геологии и минералогии им. В.С. Соболева;
10. Сергей Григорьевич Псахье – член-корреспондент РАН, директор Института физики прочности и материаловедения;
11. Василий Филиппович Шабанов – академик, председатель президиума Красноярского научного центра;
12. Юрий Иванович Шокин – академик, директор Института вычислительных технологий.