Газета.Ru Геном перевели с русского.
Ученым удалось выяснить, что 92% ДНК, считавшихся «мусором», на самом деле регулируют активность «рабочих» генов, определяя спецификацию клеток, наследственные болезни и многое…
Специальный проект «Газеты.Ru» «Россия пишет», посвященный публикациям российских ученых в ведущих мировых реценизруемых научных журналах, существует уже третий год. Это достаточный срок для того, чтобы сделать несколько довольно печальных наблюдений. Так, в этих журналах не слишком много публикаций, в которых присутствуют авторы с российской аффилиацией. В большинстве своем российские ученые, имеющие публикации в серьезных научных журналах, или являются соисполнителями и их имена встречаются в середине списка соавторов, или же имеют не одну аффилиацию, заслуженно указывая на первых местах то зарубежное учреждение, в котором проводилось исследование.
Приятное исключение в этом ряду представляет собой публикация, вышедшая в ночь на понедельник по московскому времени в журнале Nature Genetics.
В этой статье четыре автора из пяти, в том числе и ведущий автор, являются сотрудниками Института цитологии и генетики Сибирского отделения РАН. В 2011 году импакт-фактор журнала Nature Genetics составлял 35.5, что является наивысшим значением для журналов, посвященных генетике и наследственности. За последние девять лет начиная с 2003 года – это единственная статья в Nature Genetics, в которой большинство авторов, включая руководителя работы, являются представителями Российских научных институтов.
ДНК-книга
Ученым из Гарварда удалось записать в массив ДНК целую книгу, состоящую из 53 426 слов, 11 картинок и одной Java-программы. Стоимость расшифровки ДНК ежегодно уменьшается примерно в 5–12 раз, и это…
Подробнее об исследовании «Газете.Ru» рассказал один из авторов работы, доктор биологических наук Юрий Аульченко, сотрудник Института цитологии и генетики СО РАН.
– Каков главный результат этой работы?
– Если коротко – работа методологическая. То есть мы придумали некий инструмент, который помогает искать гены, чьи мутации могут приводить к болезням. По аналогии – мы придумали, скажем, драгу для добычи «генетического золота» (драга – это комплексно-механизированный горно-обогатительный агрегат, работающий по принципу многоковшового цепного экскаватора, установленный на плавучую платформу, используется для разработки россыпей, извлечения из них ценных минералов, чаще всего золота, серебра, и укладки шлака в отвал. – «Газета.Ru»). А если точнее – мы улучшили определенный узел уже существующей драги, что позволяет обрабатывать кубометр породы значительно быстрее и получать больший выход с кубометра. Причем быстрее не на проценты, а на порядок.
«Выживаемость возрастает в десятки раз»
Российские ученые приблизились к разгадке механизма «обучения» генома бактерий, по которому у них возникает иммунитет к вирусам. О том, как изучали необычный «недарвиновский» иммунитет…
Для любого другого метода, кроме нашего, анализ данных, полученных при анализе полных геномов от, скажем, десяти тысяч человек, практически непосилен. Он занимает бесконечное время счета. Наш метод справляется с этой задачей за 37 минут.
Если говорить другими словами, то работа посвящена актуальной методологической проблеме генетики человека – разработке нового вычислительно эффективного метода полногеномного анализа генетических ассоциаций. Метод полногеномного анализа генетических ассоциаций широко используется для идентификации областей генома, вариация которых вовлечена в контроль сложных признаков и распространенных болезней. Разработанный в Институте цитологии и генетики СО РАН метод Grammar-Gamma позволяет проводить такие исследования более эффективно со статистической и вычислительной точек зрения.
– Какие перспективы у данного исследования? В анонсе пресс-службы СО РАН говорится об открытии нового метода поиска генетических маркеров социально значимых заболеваний – инфарктов миокарда, некоторых видов онкологии, диабета, глаукомы и ряда других. Означает ли это, что данная работа – шаг на пути к предотвращению и лечению этих заболеваний?
– Да, косвенно – означает. Опять же, разработанный нами метод – это улучшенный узел драги. По-прежнему необходимо наличие породы (то есть данных) и других узлов.
ХНК не хуже ДНК
Альтернатива натуральным носителям генетической информации РНК и ДНК – ксенонуклеиновые кислоты, способные передавать генетическую информацию, синтезированы в лаборатории. Их можно превращать в различные…
– Как, где и сколько по времени проводилось данное исследование?
– Идея работы появилась давно, где-то в 2007 году. К 2010 году наш новосибирский коллектив был готов к тому, чтобы попробовать эту идею реализовать.
Это потребовало нескольких лет работы коллектива, в котором каждый сыграл большую роль. Гуля Свищева – первый автор – сделала математические выкладки и провела теоретическое исследование. Надя Белоногова испытала метод на реальных данных. Наша голландская коллега Корнелия ван Дуийн предоставила данные для проверки эффективности работы метода. Татьяна Иосифовна Аксенович и я все это придумали и осуществляли координацию работы.